El juego ocurre en 2004 (seis años después de los acontecimientos de Resident Evil 2 y Resident Evil 3). La Corporación Umbrella finalmente ha sido destruida por el gobierno, al ser acusada de estar detrás del infame incidente del Virus-T que transformaba a la gente en zombie y destruyó Raccoon City en los anteriores Resident Evil. El protagonista del videojuego, Leon S. Kennedy, ex-miembro superviviente de la policía de Raccoon City, es enviado a una parte misteriosa rural de España, para encontrar a Ashley Graham, la hija secuestrada del presidente por un grupo de terroristas desconocidos.